殺菌方法普遍分為兩種，一種是高溫殺菌121℃，一種是低溫殺菌（也就是巴氏殺菌），在85℃。如果牛奶加熱到超過100℃，牛奶就會產生乳糖膠，會流失一大部分養分。所以牛奶殺菌一般會采用低溫巴氏殺菌法來清除牛奶內的有害菌和芽孢，只需低溫85℃加熱半小時即可完成。高溫殺菌比較適合肉制品，不適合乳制品。

循環水路上共有6個閥門：2個殺菌，2個冷卻，兩個放水，操作非常簡單，而且整機沒有易損元件。這樣的殺菌工藝極大的保證了牛奶的天然品質，做出的牛奶原汁原味口感好，營養價值更高。

殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的合適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏殺菌機是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部消滅。經巴氏殺菌后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。

通常，市場上出售的袋裝牛奶就是采用巴氏殺菌法生產的。工廠采來鮮牛奶，先進行低溫處理，然后用巴氏殺菌法進行殺菌。用這種方法生產的袋裝牛奶通常可以保存較長時間。當然還可以對其他的液體飲料進行殺菌，具體的處理過程和工藝并不復雜，總體原理是一樣的。

 殺菌罐又名巴氏殺菌罐，主要是用來給乳品以及果汁類似需要低溫殺菌的產品進行巴氏殺菌的，一般型號都是根據容量來劃分的，型號100L、150L的都有，價格根據配置來劃分。