巴氏殺菌法的產生來源于巴斯德解決啤酒釀出后變酸的努力。當時，法國釀酒業面臨著一個令人頭疼的問題，那就是啤酒在釀出后會變酸，根本無法飲用。而且這種變酸現象還時常發生。巴斯德受人邀請去研究這個問題。經過長時間的觀察，他發現使啤酒變酸的罪魁禍首是乳酸桿菌。營養豐富的啤酒簡直就是乳酸桿菌生長的天堂。采取簡單的煮沸的方法是可以消滅乳酸桿菌的，但是，這樣一來啤酒也就被煮壞了。巴斯德嘗試使用不同的溫度來消滅乳酸桿菌，而又不會破壞啤酒本身。最后，巴斯德的研究結果是：以50~60攝氏度的溫度加熱啤酒半小時，就可以消滅啤酒里的乳酸桿菌和芽孢，而不必煮沸。這一方法挽救了法國的釀酒業。這種殺菌法也就被稱為“巴氏殺菌法”。

當今使用的巴氏殺菌程序種類繁多。“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。“快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。

國際上通用的巴氏高溫殺菌法主要有兩種：

一種是將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可消滅牛奶中各種生長型致病菌，殺菌效率可達97.3%~99.9%，經殺菌后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。

第二種方法將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌消滅即可，溫度太高反而會有較多的營養損失。

要為牛奶的一種殺菌法，既可消滅對健康有害的病原菌又可使乳質盡量少發生變化。也就是根據對耐高溫性極強的結核菌熱致死曲線和乳質中最易受熱影響的奶油分離性熱破壞曲線的差異原理，在低溫下長時間或高溫下短時間進行加熱處理的一種方法。其中，在60℃以下加熱30分鐘的方式，作為低溫殺菌的標準，早為世界廣泛采用。利用高溫處理，雖對乳質多少有些影響，但可增強殺菌效果，這種方法稱為高溫殺菌（sterilization），也就是在95℃以上加熱20分鐘。巴氏殺菌法除牛奶之外，也可應用于發酵產品。